Antes de assumir o cargo de secretário-executivo do MEC, Godoy fez carreira como auditor federal de finanças e controle da Controladoria-Geral da União, que trabalhou de 2004 a 2020. Na CGU, Godoy teve atuação como auditor federal, chefe de divisão, coordenador-geral e diretor-substituto de auditoria e diretor de auditoria da área social.